El establecimiento del canon autonómico de depuración ha tenido un efecto directo en la factura del agua de los ciudadanos de la provincia. Entre 2011 y 2012 la Junta se ha embolsado casi 30 millones de euros por este concepto y la previsión es que hasta 2015 se recauden más de 86. En el conjunto de Andalucía la cuantía se eleva casi 300 para ese mismo periodo. El Colegio de Ingenieros de Caminos, Canales y Puertos de Andalucía siembra en su análisis dudas sobre la legitimidad del impuesto, especialmente después de que la Junta no haya cumplido con la contrapartida de la recaudación: el uso exclusivo de ese dinero para la financiación de obras relacionadas con la depuración de las aguas.
El citado canon viene acompañado además en la factura común por un concepto de Depuración que, según el colectivo, únicamente debería aplicarse en los municipios en los que se lleva a cabo el proceso íntegro de descontaminación; algo que lejos de eximir del cobro a los ciudadanos de dos o tres municipios compete en teoría a decenas. De las 101 localidades de la provincia, 42 carecen de estación depuradora y por lo tanto tendría que abstenerse de exigir el pago por este concepto. Lo que no es, ni mucho menos, una fruslería para la economía doméstica de los afectadores. En una factura tipo de 54 euros, el cobro del canon y de la Depuración se eleva generalmente a alrededor de 13. Los ayuntamientos cobran por los gastos derivados del ciclo urbano de agua, desde que se capta en los ríos o embalses, hasta que llega a los domicilios y desaparece por el desagüe para depurarse y volver al medio natural.
