La Fiscalía ha presentado cargos contra dos altos cargos del Puerto, dos directivos de Sando y uno de Dragados por obras llevadas a cabo en el recinto: las del Atraque Sur, las de reparación del mismo después de que un buque colisionara con la instalación y los trabajos para lograr más calado en el muelle 9.

Así, el fiscal solicita once años y medio de prisión para el ex ingeniero jefe de Infraestructuras del Puerto por falsedad en documento oficial en concurso con uno de malversación, un delito de fraude y otro más de falsedad; al jefe de la División de Proyectos y Obras del Departamento de Infraestructuras del Puerto se le piden seis años por falsedad y malversación; al director técnico de las obras designado por Sando se le piden tres años por falsedad y malversación, mientras que al delegado de Obra Civil de la firma se le solicita lo mismo. El fiscal reclama dos años para un ingeniero de Dragados.

El acusador público solicita que los cuatro primeros acusados indemnicen en 941.294 euros a la Autoridad Portuaria por los perjuicios causados, suma que podría verse incrementada. Asimismo, solicita que Sando sea responsable Civil subsidiaria.

La primera de las acusaciones se basa en la ejecución, por parte de Sando, del proyecto de nuevos atraques para cruceros en el Dique de Levante, lo que se conoce como Atraque Sur. Estas obras se adjudicaron a Sando con un plazo de ejecución de 24 meses y una reducción del presupuesto previsto del 16,50%. «Al sostener una baja muy superior a la que habían propuesto los otros licitadores, los responsables de Sando se aseguraban la concesión de la obra». Los trabajos comenzaron el 31 de mayo de 2004. Durante la obra, hubo que hacer un modificado del proyecto inicial. El fiscal considera que el ingeniero jefe de Infraestructuras del Puerto, mientras redactaba esta iniciativa, «recibió presiones de ingenieros u otras personas vinculadas a la constructora que, posiblemente alarmadas por los costes reales que no supieron o no quisieron prever en su momento, ahora discutían las valoraciones provisionales de las unidades de obra reflejadas en las certificaciones emitidas hasta septiembre de 2005».

Este acusado «se comprometió a manipular las futuras relaciones valoradas y certificaciones para aumentar subrepticiamente el valor de las obras y así proporcionar a la contratista un beneficio superior al que le correspondía», lo que perjudicaría los intereses de la Autoridad Portuaria.

Los dos ingenieros del Puerto estaban convencidos de que «nadie investigaría a fondo el desarrollo de esas obras». Los dos altos cargos de Sando «participaron en el referido acuerdo, dispuestos a avalar con su firma, en representación de la contratista, las futuras certificaciones y liquidaciones de contenido falaz».

Para encajar en el presupuesto parte de los sobrecostes, el proyecto modificado uno recogía «partidas asociadas a unidades de obra innecesarias». El fiscal afirma que el perjucio a la Autoridad Portuaria fue de 942.506,92 euros «sólo en concepto de ejecución material, pero el daño real fue superior». La constructora alegó que había soportado sobrecostes de 1,12 millones de euros y reclamó el pago de 298.020 euros. En diciembre de 2011, la Autoridad Portuaria puso el tema en manos de la Fiscalía.

El fiscal también narra supuestas irregularidades en la reparación del atracadero sur después de que colisionara con el mismo el buque Stolt Capability, cuando se descubrió que la longitud de los pilotes del atraque era inferior a la certificada y liquidada.