A finales de 1906 se registraron graves inundaciones en España y la ciudad de Málaga había recibido un aviso de lo que podría sucederle. Pero, un año después, durante la noche del 23 al 24 de septiembre de 1907, y sin que sobre la ciudad cayera ni una sola gota, una formidable tromba de agua se precipitó en pocas horas en la parte alta del Valle del Guadalmedina. Las aguas arrastraron a su paso todo el suelo que, a consecuencia de los repartimientos de tierras efectuados tras la conquista, a principios del siglo XVI, se habían talado y rotulado, sustituyendo los robles y el sotobosque por las vides.

La intensa tormenta arrastró la tierra removida y suelta, y el aluvión de barro desbordó los paredones del Guadalmedina, destruyéndolos a su paso e inundando de fango la ciudad y sus barrios.

Las campanadas de la Catedral tocaron a rebato; sonaban en la noche los gritos de socorro y los pitidos de los serenos. La torrentera había destruido el Puente de la Aurora y sus materiales, junto con los que arrastraba, habían obturado el de Santo Domingo, se formó una barrera que impedía la bajada de las aguas hasta el mar, enviándolas a ambos lados del cauce. Por fin cedió la resistencia del Puente y, arrasado por completo, sus restos fueron a taponar ahora, nuevamente, los arcos del Puente de Tetuán y el del ferrocarril. El primero aguantó el empuje pero no así el segundo.

En principio, las aguas se desbordaron a la altura del Huerto de los Claveles, inundando el barrio de la Trinidad de forma rápida y violenta, junto con la zona baja del Molinillo, conduciendo las aguas hasta el centro de la ciudad a través de la calle Ollerías, pasando después a la de Carreterías. El muro del río que daba a Puerta Nueva quedó parcialmente cercenado en su parte superior, lo que provocó la inundación de las calles Postigo de Arance, Nuño Gómez y la plaza de Biedma. También cedió parte del muro del Pasillo de Santa Isabel, inundando la plaza de Arriola, calles Grama, San Juan, Calderón de la Barca, Marqués, Cintería y plaza de Félix Sáenz.

Respecto a los barrios del Perchel y la Trinidad el desbordamiento fue completo. En el Perchel, las aguas penetraron violentamente -al romperse el muro del Guadalmedina-, por los pasillos de Santo Domingo y de Guimbarda, calles de La Puente, Ancha del Carmen, Santa Rosa y Cerrojo. A la calle de Larios llegaron las aguas y el barro por dos vías: desde las de Compañía y Especerías, por un extremo, y por la Alameda Principal de otro. Las aguas levantaron el lujoso parquet de madera.

Muy pronto comenzaron a organizarse grupos de rescate y ayuda para las numerosas víctimas, pero al acudir las autoridades, el cuerpo de bomberos y fuerzas del ejército no hallaban medio de poder atravesar las calles: puede decirse que eran un lago. De hecho, los marineros de las playas de San Andrés y El Bulto, prestaron sus barcas para poder circular por las calles de los barrios, salvando vidas y llevando ropas de abrigos, alimentos o medicinas a los que se hallaban en los pisos superiores a cuyos balcones había llegado el agua que desbordó el río. Todavía hoy, en la iglesia de San Juan, y en diversas calles, se pusieron unas marcas señalando la altura que alcanzaron las aguas.

La catástrofe fue conocida en el mundo entero, y muy pronto comenzaron a llegar de todas partes diversas cantidades de dinero para paliar, en la medida de lo posible, las cuantiosas pérdidas y las numerosas desgracias. El Rey Alfonso XIII visitó al mes siguiente la ciudad, la impresión que le causó le hizo exclamar: «Creía grande el desastre, pero no tanto. Esto es horrible».