En el resurgir de la Semana Santa de la posguerra determinadas iglesias constituyeron auténticos refugios para los cofrades que reorganizaban o refundaban las hermandades, obligadas estas por diversas circunstancias a encontrar cobijo en aquellas. El antecedente lo había constituido años antes la hermandad de la Sentencia cuando en 1932 bendijo a su nueva imagen titular en la iglesia de San Pablo, donde tuvo que trasladarse tras tener que abandonar la iglesia de la Aurora María, que había sido destruida. Se colocó en un altar situado a la izquierda de la puerta principal de la iglesia previamente restaurado por los propios hermanos. En el mes de mayo de 1937 volvió a reorganizarse en la parroquia de Santiago.
En ese mismo año de 1937, reorganizada Expiración, trasladó la imagen de la Virgen de los Dolores a la iglesia de los Santos Mártires; la iglesia de San Pedro se encontraba aún cerrada. El lugar que ocupó fue la capilla donde hoy se encuentra la archicofradía de Pasión. El 20 de marzo de 1938, a las siete de la mañana, se produjo el traslado hacia la iglesia del Carmen en unas sencillas andas.
Tres cofradías que habían tenido su sede en la desaparecida iglesia de la Merced se reorganizaron en los Mártires. Así ocurrió en 1940 con la hermandad de la Piedad, pasando el grupo escultórico a ocupar la capilla que había dejado Expiración. Dos años más tarde se contó con la aprobación eclesial para que otra cofradía mercedaria, la Columna, estableciera su sede canónica en el mismo templo. Igual sucedió cuando se reorganizó Viñeros, estableciendo allí su sede hasta 1950 y dejando imágenes para el recuerdo como la del Nazareno, obra de Adrián Risueño, saliendo desde la puerta de la calle Mártires.
En aquellos años el Huerto encargaba a Francisco Palma la restauración del Cristo (1938), y adquiría la actual imagen de la Virgen de la Concepción, obra anónima del siglo XVIII (1941). Pasión aprobó nuevos Estatutos en 1941, estableciendo su sede en el céntrico templo, a pesar de que en enero de 1936 se había erigido canónicamente en San Felipe Neri y que la primera salida procesional se había realizado desde la desaparecida iglesia de San José. Ocupó, en primer lugar, la que hoy es la nueva capilla de adoración al Santísimo, y en marzo de 1952 adquirió en propiedad la actual.
Seis cofradías resurgieron en la posguerra en los Santos Mártires, contando con la breve estancia de Expiración. La archicofradía estuvo en la iglesia del Carmen durante ocho años, donde se rindió culto por primera vez a la imagen del Cristo obra de Benlliure. Volvió a San Pedro en 1946; año en el que se produjo, pasada la Semana Santa, la desvinculación de los agustinos de la cofradía de Estudiantes, exigiendo a esta el inmediato desalojo de la iglesia de su propiedad. Los jóvenes cofrades encontraron cobijo en el Carmen, en el primer altar del lado de la Epístola. Al año siguiente, salió en procesión desde esta iglesia perchelera; lo hizo un Domingo de Ramos a las nueve y media de la noche, ya que por aquel entonces el Lunes Santo se consideraba un día muy cargado. Pero esa no era la única novedad, procesionaba por primera vez a su titular mariana empleando provisionalmente para ello a la imagen de la Virgen de los Remedios, de los Santos Mártires. En 1948 la hermandad establece definitivamente su sede canónica en la iglesia del Santo Cristo de la Salud.
En ese año llega al Carmen la hermandad del Prendimiento. Pese a que los cofrades solicitaron volver a erigirse en Santo Domingo, el obispo Herrera Oria consideró que ya había suficientes hermandades en el templo dominico. Allí vivió la hermandad el importante momento de la bendición por el obispo del grupo escultórico obra de Pedro Pérez Hidalgo, el Domingo de Ramos de 1949 a las dos de la tarde. Tan solo unas pocas horas después realizaba su salida procesional. En el Carmen, donde coincidió con Misericordia, permaneció hasta el año 1957. Otra cofradía que había tenido su sede en Santo Domingo, el Rescate, se reorganizó en la iglesia de Santiago en 1949, trasladándose dos años más tarde a la capilla de calle Agua.
Un grupo de integrantes de la cofradía de Zamarrilla se había reunido en 1938 con la finalidad de fundar una hermandad, estableciendo su sede canónica en San Felipe Neri. Desde allí realizó sus primeras salidas procesionales de esta nueva etapa; y el 22 de marzo de 1945 se trasladaron a su ermita, una vez restaurada. En San Felipe quedarían, además de Servitas, la Pollinica, establecida allí tras reorganizarse en 1939 y donde estuvo más de cuarenta años; y la Sangre, otra cofradía mercedaria que también encontró refugio en un nuevo templo para poder renacer.
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