La realización de estación de penitencia por las cofradías malagueñas en la Catedral ha sido una constante a lo largo de su historia, si bien no en todas las épocas los participantes la practicaron con la misma religiosidad.

Ya en las primitivas constituciones de la Sangre, presumiblemente de 1507, se decía que la cofradía visitaba la noche del Jueves Santo en remembranza de la Pasión de Nuestro Señor Jesucristo: el monasterio de la Victoria, la iglesia de Santiago, la Iglesia Mayor, la de San Juan y los Santos Mártires. Estas primeras estaciones se realizaban en el interior de la primitiva Mezquita-Catedral.

Desde mediados del siglo XVI, tras el Concilio de Trento, las hermandades pasionistas adquieren verdadera carta de naturaleza, optando la mayoría de ellas por considerar a la Catedral como estación obligada que justificaba la práctica pública de la penitencia. El resto de las estaciones del recorrido quedaba al arbitrio de cada hermandad, según su costumbre.

En torno a 1605 el cabildo comenzó a normar las estaciones en el interior de la Catedral, estableciendo un tiempo concreto a cada cofradía, medida necesaria debido a la demora en la que incurrían. Para ver las procesiones, que accedían por la puerta de las Cadenas, el cabildo y prebendados se sentaban a la entrada del coro (1640).

En el siglo XVIII el cabildo se quejaba de los inconvenientes que deparaban al personal catedralicio las estaciones de las hermandades, entre ellos la suciedad que provocaba el público que acudía a verlas, especialmente en la noche del Viernes Santo. Gracias a la puesta en comunicación de la obra nueva con la vieja, a partir de 1771 se amplió el reducido itinerario que hasta entonces tenían las cofradías en el interior, pudiendo utilizar las naves laterales hacia el trascoro. En aquel tiempo el Monumento al Santísimo Sacramento, ideado por el aparejador Antonio Ramos, estaba ya colocado en la que sería capilla del Sagrado Corazón; espacio que estaba destinado solo a dar paso a una puerta que se tapió.

Conocemos por Díaz de Escovar que el Miércoles Santo de 1798 entraron en la Catedral las siguientes cofradías procedentes del convento franciscano de San Luis el Real: la de Jesús el Pobre, la Columna y la Humildad.

A principios del siglo XIX continuaban las estaciones, existiendo referencias de las realizadas por la Soledad de Santo Domingo, como la de 1826 presenciada por el prelado. En el periodo comprendido entre 1860 y 1867, coincidiendo con los años de apogeo de las manifestaciones de culto externo anteriores a la Revolución de 1868, la excepción era no entrar en el primer templo. Entradas que se seguían produciendo mayoritariamente por la puerta de las Cadenas, aunque se utilizaban otros accesos. La puerta principal, desde la plaza del Obispo, era utilizada normalmente por la Soledad, aunque puntualmente también por otras cofradías como la procesión conjunta de la Merced (Columna, Viñeros y Sangre) en 1861 o el Huerto y Servitas en 1867. La del Sol, desde el Postigo de los Abades, era utilizada por el Nazareno del Paso, aunque determinados años también entró por la principal.

En pleno periodo de crisis, tras la Revolución, solo procesionó la Soledad de Santo Domingo, manteniendo la estación de penitencia con la mayor de las solemnidades; así, en 1872 la sección lírica del Círculo Mercantil interpretó el Stabat Mater de Rossini a la llegada de la imagen a la Catedral.

En las dos últimas décadas de la centuria se constata el abandono del primer templo por las cofradías, incidiendo en ello la apertura de la calle Marqués de Larios y la preferencia de las cofradías por ella, junto con la tradicional plaza de la Constitución y la de la Merced. Desde la apertura de Larios solo realizó estación en la Catedral la Archicofradía del Paso y la Esperanza, efectuándola por última vez probablemente en 1896. Algunas cofradías, como La Puente o Azotes y Columna, solían incluir en su recorrido, al menos, el tránsito por las calles Santa María y San Agustín.

La fundación de la Agrupación y la instauración de un recorrido oficial que excluyó a la Catedral y a su entorno, fruto de la diferente concepción de las manifestaciones públicas de fe, ratificaron el abandono. Hubo que esperar hasta 1949, y gracias a la Hermandad Sacramental de Viñeros, para que se reanudara una práctica común en siglos pasados y que en ese momento era considerada un privilegio. En 1977 se unió la Archicofradía Sacramental de Pasión.

Once años más tarde se cerraría definitivamente el paréntesis abierto a finales del siglo XIX y, tras una ardua lucha encabezada por las cofradías llamadas «nuevas», la Catedral se abrió para todas las que así lo desearan. Se saldaba una deuda con la historia cofrade malagueña, ya que, en contra de lo que erróneamente se llegó a pensar en aquellos años, la estación de penitencia no era una moda importada, ni algo carente de sentido en nuestra ciudad.