La década de los 60 del pasado siglo, la década del boom turístico, no solo no supuso una etapa de bonanza para las cofradías malagueñas, sino muy al contrario comenzó una crisis que casi duró dos décadas. Los problemas se sucedieron sin solución de continuidad.
La Agrupación de Cofradías, muy presidencialista, se encontraba seriamente debilitada, como lo estaba el que era su presidente desde 1935, Enrique Navarro. Este intentó en varias ocasiones abandonar, pero los hermanos mayores no daban el paso al frente, mostrando cierta desidia. En 1968, el joven Andrés Oliva, de Fusionadas, era tajante: «La Agrupación de Cofradías está totalmente desprestigiada».
Las cofradías continuaban contando con el apoyo de las instituciones del Régimen, pero ya era más un apoyo moral que económico, produciéndose un déficit en la financiación. Como los problemas no suelen venir solos, la sustitución de la tribuna de madera de la plaza de la Constitución en 1961 por una metálica, que resultó defectuosa, solo conllevó un aumento de los gastos al tener que realizarse una nueva adquisición y almacenar la inservible. Ni siquiera la declaración de la Semana Santa de Málaga como Fiesta de Interés Turístico Nacional en 1965 propició un aumento de las ayudas públicas.
Junto a lo obtenido por las sillas, no solo en Semana Santa, constituían una fuente de ingresos indispensable las participaciones en la lotería, aunque las cofradías y la Agrupación se hacían la competencia. Tampoco esta cuestión fue plenamente satisfactoria, ya que la Agrupación fue objeto de una denuncia ante el Tribunal de Contrabando y Defraudación por las participaciones de la Lotería de Navidad del año 1968.
Por si fuera poco, las relaciones con el obispo Ángel Herrera Oria no contribuían a mejorar la situación general. Herrera Oria intentó poner orden en las salidas procesionales, pretendiendo que las cofradías volviesen antes y cumpliesen los horarios aprobados por él. Llegó a sancionar a diversas cofradías por sus incumplimientos, como Viñeros en 1966. El tradicional pregón también se vio afectado, recomendando que se celebrase en la Catedral y no en el Teatro Cervantes; pregón que no se celebró de 1963 a 1969. Pretendió que la actividad de las cofradías se centrase en la labor social, diciendo el ya cardenal en 1965: «Yo no os pido que prescindáis de los tronos y de los mantos (…). Pero lo que sí debo hacer en nombre de lo que esas mismas imágenes representan es deciros: Austeridad, no lujo; modestia, no ostentación. Son las consignas de la Iglesia contemporánea». Iglesia del Concilio Vaticano II que desubicó a los cofrades.
Por otro lado, la mayoría de los sacerdotes no tenían un buen concepto de las cofradías y eran frecuentes los roces. Como ejemplo, el protagonizado por el párroco del Santuario de la Victoria y la Hermandad del Santo Sepulcro un Viernes Santo de 1963. La hermandad, sorprendida por la lluvia, dejó arriado el trono de la Virgen en la calle Álamos, llevándose la imagen a los Mártires. El trono del Cristo, que había hecho solo el final del recorrido, se encontró al llegar que la iglesia estaba cerrada, a pesar de las reiteradas llamadas y avisos de los hermanos. La imagen del Cristo se quedó en la calle aquella noche.
Para completar el panorama de adversidades y desdichas de esta década, el grave problema de los hombres de trono; los cuales eran buscados y contratados por cada cofradía, estableciendo cada una el precio en función de su capacidad económica (salvo el Coronado de Espinas que era llevado solo por hermanos). Lo que en un principio se hizo como una solución, establecer contratos con los capataces para que ellos contratasen las diversas cuadrillas, solo agravó el problema. Si bien se acordaba un precio con los capataces, al pasar por la tribuna principal y hasta el regreso, había que ir subiendo la cantidad porque el trono no llegaba; mayor coste que a veces no llegaba a las cuadrillas. Además, los hombres de trono no estaban asegurados, encontrándose la Agrupación con una demanda interpuesta por un hombre de trono de la Estrella que había sufrido una hemorragia cerebral el Martes Santo de 1964. En ese mismo año, suponiendo un hito de este problema, el trono de la Soledad del Sepulcro es abandonado en la calle Tejón y Rodríguez.
En la Agrupación se creó una comisión para solucionarlo, planteándose incluso poner ruedas a los tronos y solicitándose a las cofradías que disminuyeran el peso de estos, debiendo mantenerlos en perfectas condiciones para evitar accidentes.
La situación llegó al punto crítico de que, antes de la Semana Santa de 1969, se temía no poder realizar las salidas procesionales por no poder afrontar los gastos que suponían, pidiéndose la colaboración de la juventud malagueña para ahorrarse los salarios de los hombres de trono. Se estaba apuntando la solución.
La década tuvo un final no deseado, el incendio de la nueva capilla de la Sagrada Cena el 28 de diciembre de 1969; sin embargo, dio lugar a una de las grandes muestras de solidaridad cofrade.
