La Fundación Cueva de Nerja ha firmado convenios de colaboración con los ayuntamientos de la Axarquía: Almáchar, Iznate, Nerja, Rincón de La Victoria y Vélez-Málaga para la gestión de su patrimonio histórico y museístico, ya que la mayoría de estas localidades no cuenta con recursos humanos para este cometido. Para ello, la Fundación ofrece la colaboración de su equipo técnico del Instituto de Investigación y del Museo de Nerja.

Los acuerdos se firmaron dentro de los actos realizados con motivo del 63 Aniversario del descubrimiento de la Cueva de Nerja y fueron suscritos por el presidente de la Fundación Cueva de Nerja, Javier Salas, y los alcaldes de Almáchar, Antonio Yuste; Iznate, Gregorio Campos; Nerja, José Alberto Armijo; Rincón de La Victoria, Francisco Salado, y Vélez-Málaga, Antonio Moreno Ferrer.

A través de estos acuerdos la Fundación ofrece su experiencia en la gestión de patrimonio y abre la posibilidad de colaborar en diferentes investigaciones y en la organización de exposiciones y eventos, con el fin de contribuir a la conservación, protección, difusión y puesta en valor del variado patrimonio histórico de la Axarquía, fundamental para su desarrollo turístico y económico.

Con el ayuntamiento de Almáchar se va colaborar en la documentación, planificación y diseño de los contenidos del Museo de la Pasa, también con la gestión del patrimonio histórico de esta localidad.

Con el de Iznate se va a trabajar en la documentación de la Casa Rectoral y Parroquial y de la Casa Palacio del Marqués de Iznate, que van a convertirse en centros culturales. Además se va a asesorar en la gestión de su patrimonio histórico.

Con el Ayuntamiento de Nerja, donde reside la Fundación, se plantea una colaboración estrecha y continua. De hecho se ha creado una comisión entre ambas instituciones para coordinar todos los eventos culturales anuales. Asimismo el Museo de Nerja se convierte en la oficina municipal de Patrimonio Histórico de Nerja desde ella se va a asesorar al ayuntamiento en todo lo referente al patrimonio histórico del municipio.

Con Rincón de La Victoria el Instituto de Investigación de la Fundación va a asesorar en la conservación e investigación de la Cueva del Tesoro y de la Cueva de la Victoria. Igualmente, el equipo técnico del Museo de Nerja va a colaborar en la musealización de la villa romana de Torre de Benagalbón.

El convenio con el Ayuntamiento de Vélez-Málaga difiere del resto ya que sí posee recursos humanos para las citadas gestiones. En este caso se van a organizar actividades conjuntas entre la Fundación y esta localidad, utilizando las infraestructuras de los museos MUVEL (Museo de Vélez-Málaga) y CAC (Centro de Arte Contemporáneo de Vélez Málaga Francisco Hernández).

Estos convenios son la continuidad de un programa de rúbrica de acuerdos con entidades locales, de hecho en 2018 se firmó el primero de ellos con el ayuntamiento de Frigiliana, para asesorar a su Museo Arqueológico.