Ante la imposibilidad de cumplir actualmente los fines, que justificaban su existencia, y tras la búsqueda de diversos intentos de solución en los últimos años, que no llegaron a término, el Patronato acordó por unanimidad, el 11 de noviembre de 2011, la extinción de la Fundación y la adjudicación de los bienes resultantes y de las obligaciones de la misma a la Diócesis de Málaga.
Este evento sucede en el Año de la fe, que estamos celebrando. Con ello los patronos de la Fundación y las instituciones eclesiales, a las que representan, quieren expresar el valor de la fe cristiana y su amor a la Iglesia católica, cuya actitud humanizadora hace surgir siempre frutos de servicio y atención a los más necesitados.
El 14 de diciembre de 2012 el Boletín Oficial de la Junta de Andalucía (BOJA) hizo pública la Resolución oficial, por la que se ratificaba la extinción de la Fundación Santo Tomás por parte del Protectorado de Fundaciones de Andalucía.
La Consejería de Justicia e Interior de la Junta de Andalucía, en el documento que resuelve sobre la propuesta del Patronato de la Fundación, afirma que "la adjudicación se justifica por el marcado carácter religioso y asistencial de la Fundación que se extingue y la implicación del Obispado en el mantenimiento de estos valores, así como en la conservación de los valores históricos y artísticos, asumiendo directamente los costes de la rehabilitación y conservación del único inmueble titularidad de la Fundación sito en Málaga, c/ Santa María, 31. La Diócesis asume todos los derechos y obligaciones inherentes al mismo".
