El hospital de Santo Tomás Apóstol es una de las instituciones más antiguas de Málaga. Situado en la calle Santa María, frente por frente a la portada de la iglesia del Sagrario, fue fundado y edificado en 1505 por el caballero Diego García de Hinestrosa, aunque la historiadora María del Carmen Díaz Roldán pone en duda este dato. Parte del solar que ocupa fue un mesón cedido por los Reyes Católicos al Cabildo de la Catedral. Justo al lado vivía García de Hinestrosa, que juntó ambas propiedades para construir un hospital dedicado a la beneficencia y dónde sólo había 15 camas: 13 en honor de Jesucristo y sus doce apóstoles, una en honor de la Virgen y otra a Santa Catalina.

En los primeros años bastanban las rentas de García de Hinestrosa, que las dedicó todas a la sanación de enferos (aunque no admitía incurables). Pero pronto llegaron mecenas, así como la contribución de la Catedral, lo que permitió aumentar el número de camas y de asistentes. Más adelante, ya en el siglo XIX, quedó incorporado al Hospital de la Caridad de la Provincia, pasando más tarde a depender de la Diputación.

Según explica Rosario Camacho en su Guía Histórico-Artística de Málaga, el terrible terremoto sufrido por la ciudad la noche del 24 de diciembre de 1884 afectó de tal manera al edificio que fue precisa su demolición, reconstruyéndose de nueva planta. Los trabajos transcurrieron entre 1888 y 1891, según planos del arquitecto Juan Nepomuceno Ávila, quién diseñó un edificio en clave historicista siguiendo los estilemas propios de la tradición gótico-mudéjar. La reconstrucción fue costosa, sobre todo porque se quiso imitar y acomodar la fachada a la anterior.

Sobre la portada, enmarcada por un alfiz con decoración de azulejería vidriada, hay dos escudos con la fecha de la institución del hospital y la construcción del nuevo edificio (1505 y 1889). Sobre ella, preside un ajimez copia exacta del original del antiguo edificio, y que se encuentra en los jardines de San Agustín. La ventana aparece inscrita en un recuadro delimitado por haces de junquillos.

En la fachada los huecos se disponen de forma asimétrica en función del interior. Así, el ala izquierda corresponde a la capilla, en la que se adivinan tres esbeltas vidrieras. La derecha está dividida en tres pisos con cuatro líneas verticales de huecos ojivales. A partir del primer piso hay balcones adintelados.

El artesonado de la capilla es el primitivo de 1505. Se inspira, según deseos del fundaor del hospital, en uno de los entonces existentes en la casa obispal. Es de particular forma octogonal.

El patronato, hasta su disolución en diciembre de 2012, estaba constituido por un representante del Cabildo Catedralicio, el superior de los Dominicos, el superior de los Franciscanos y un patrón de sangre descendiente del fundador. La marcha de los frailes de la capital (los primeros, con sede actual en Antequera; y los segundos en Vélez-Málaga) y la imposibilidad de mantener el edificio por parte del patró de sangre, facilitaron la compra del edificio por parte del Obispado, que asume también toda la deuda acumulada por la fundación.

Y eso que la situación económica del hospital fue buena hasta 1936, señala Díaz Roldán. En 2008, Unicaja estuvo a punto de sellar un acuerdo para convertir el hospital en centro cultural. Había cerrado en 1972, incapaz de cumplir sus fines fundacionales y especializado en tratamientos oftalmológicos. Desde entonces no ha abierto.