El Palacio de la Aduana cuenta con 7.400 metros cuadrados de superficie, de los que 2.380 serán para la exposición de la primera planta, dedicada al Bellas Artes, y 1.777 metros cuadrados para la segunda, donde se expondrán los fondos del museo arqueológico. La distribución del resto de espacio queda con 224 metros cuadrados serán para vestíbulo, 273 de área de acogida, 75 para la tienda, 214 para la cafetería de la planta baja, 986 del patio y galería de la planta baja, 565 del almacén visitable, un aula didáctica de 92 metros, una biblioteca de 320 metros, un salón de actos y también un restaurante.
